Herbst 2004. Nachdem die Tochter des Präsidenten entführt wird, geht US-Agent Leon S. Kennedy Augenzeugenberichten nach, die ihn in ein kleines europäisches Dorf führen.
Mit dem Gewicht jener schicksalhaften Nacht in Raccoon City auf seinen Schultern, beginnt er seine Mission.
Ashley Grahams Spur hat Leon direkt in den Schlund einer Bestie geführt. Er ist Ashley dicht auf den Fersen, aber eine falsche Bewegung könnte sein Ende bedeuten.
"Dein Blut hat die Gabe angenommen."
Mit diesen unheilvollen Worten verschwindet Leons respekteinflößender Gegner. Leon versucht, nicht weiter über die Bedeutung der Worte nachzudenken, und setzt seine Suche nach Ashley fort.
Leon hustet Blut und verliert daraufhin unvermittelt das Bewusstsein. Irgendetwas ist in seinem Körper - etwas, das ihn von Innen zerfrisst.
Er muss Ashley finden... bevor es zu spät ist.
Leon gelingt es endlich, Ashley zu finden und zu befreien, aber die Erleichterung währt nur kurz, denn das Gebiet ist von einem Mob aus Dorfbewohnern umstellt. Leon muss Ashley um jeden Preis beschützen und mit ihr aus dem Dorf fliehen.
Ashley erfährt, dass sie selbst mit dem Parasiten namens "Plaga" infiziert ist. Aber Luis macht den beiden Hoffnung auf Heilung. Und so tröstet Leon Ashley, während sie ihren Weg fortsetzen.
In der Hoffnung, ihre Verfolger loszuwerden, suchen Leon und Ashley Unterschlupf in einer Burg. Sie ahnen nicht, welche Grausamkeiten innerhalb ihrer Mauern auf sie warten.
Nachdem sie Leon mit seinem eigenen Messer bedroht hat, läuft Ashley tiefer in die Burg. Irgendetwas stimmte mit ihr nicht. Es war fast, als würde sie wie eine Marionette kontrolliert.
Verwirrt und besorgt geht Leon ihr nach.
Endlich wieder vereint tröstet Leon Ashley, die nach ihrem Aussetzer völlig aufgelöst ist.
Die beiden brechen auf, um sich mit Luis zu treffen.
Dieses Mal war es Ashley, die Leon aus der Patsche helfen musste. Aber die Wiedersehensfreude der beiden ist nur von kurzer Dauer, denn Ashley wird erneut ergriffen und fortgeschleppt.
Leon geht tiefer in die Burg, um sie zu retten.
Leon ist in Ramóns Falle getappt und findet sich nun tief unter der Burg wieder, wo er auf Luis trifft.
Um zurück an die Oberfläche zu gelangen und Ashley zu retten, müssen die beiden wohl oder übel zusammenarbeiten.
Leon erfährt, dass Jack Krauser, sein ehemaliger Mentor, an Ashleys Entführung beteiligt war. Krauser tötet Luis ohne jeden Skrupel und verschwindet dann spurlos. Verwirrt und wütend macht sich Leon auf, um Ashley zu finden und Luis' letzten Wunsch zu erfüllen.
Ada Wong taucht erneut aus dem Nichts auf, und Leon fragt sich, auf wessen Seite sie überhaupt steht. Ist sie eine Verbündete, oder will sie ihn nur wieder benutzen?
Was ihre Absichten auch sind, wenigstens kann Leon dank ihr nun die Verfolgung von Krauser aufnehmen und Ashley retten.
Leon und Ashley sind wieder vereint, doch auf der vom Kult kontrollierten Insel läuft ihnen die Zeit davon. Die Plaga-Parasiten in ihren Körpern wachsen mit erschreckender Geschwindigkeit.
Leon war endlich in der Lage, einen Schlussstrich unter seine komplizierte Vergangenheit mit Krauser zu ziehen, aber ihm bleibt keine Zeit für Gefühlsduseleien. Saddler hat die Kontrolle über Ashley erlangt und ist mit ihr ans andere Ende der Insel verschwunden.
In der Hoffnung, dass Luis' Vermächtnis sie beide noch retten kann, nimmt Leon seine letzten Kräfte zusammen, um gegen den Parasiten anzukämpfen, der die Kontrolle über seinen Körper zu übernehmen beginnt, und Ashley ins Labor zu bringen.